Produksi perikanan selama kurun waktu lima tahun terakhir sebesar 5,7 % pertahun. Pada saat ini produksi perikanan mencapai 16.645,3 ton, sedangkan potensi keseluruhan mencapai 35.000 metrikton per tahun. Sektor perikanan laut jumlah tangkapan ikan sebanyak 16.242,2 ton dengan jumlah kapal penangkap ikan sebanyak 2.441 unit kapal dan daerah ini juga memiliki 1 buah tempat pelelangan ikan tempat bertemunya nelayan dan penjual ikan. Sub sektor perikanan darat seperti tambak terdapat seluas 3.564,8 ha dengan jumlah produksi 337,8 ton, kolam yang ada di daerah ini seluas 8,7 ha dengan jumlah produksi 14,7 ton dan karamba sebanyak 690 unit dengan jumlah produksi 50,6 ton. Ikan karang di perairan laut Berau terdapat 872 spesies yang terbagi dalam 288 genera dan 77 famili. Berdasarkan survey bulan Oktober 2003 kawasan Laut Kab. Berau memiliki 872 Spesies ikan karang dan 507 jenis karang keras. Selain itu ditemukan sekitar 10 Spesies Mamalia laut, 8 spesies Lamun dan sekitar 26 jenis mangrove. Luas hutan mangrove 80.277 Ha yang terdiri dari mangrove sejati (bakau, Api-api) 49.888 Ha dan mangrove tidak sejati (nipah, nibung) 30.389 Ha.
Peraturan Bupati No. 31 Tahun 2005 tentang kawasan Konservasi Laut yang bertujuan untuk menyusun rencana pengelolaan dan pengembangan Zonasi, menyusun Bisnis Plan, Pengembangan mata pencaharian alternatif mengembangkan konsep ekowisata berbasis penyu serta monitoring dan surveillance.
Keanekaragaman Hayati di Kabupaten Berau baik flora maupun faunanya berdasarkan data yang diperoleh dari hasil pengamatan atau penelitian lapangan baik oleh tim study analisis mengenai dampak lingkungan hidup (AMDAL), LSM , NGO di Kabupaten Berau masih dijumpai beberapa jenis flora (vegetasi) maupun fauna yang dilindungi maupun tidak dilindungi yang termasuk dalam klas mamalia, primata, avifauna dan reptil. Demikian pula keanekaragaman biota perairan (plankton dan benthos) masih baik.
Bidang Penangkapan Ada tiga wilayah pengembangan perikanan yang selalu berhubungan dengan jenis alat tangkap, yaitu :
a. Perairan bagian utara, purse seine (pukat cincin) dan gill net (jarring inssang).
b. Perairan bagian tengah, trammel net dan purse seine
c. Perairan bagian selatan, Purse seine dan gill net
Bidang Budidaya, Wilayah pantai, komoditi perikanan yang cocok dibudidayakan adalah rumput laut, kerapu, beronang, bawal, kakap melalui pengembangan floating net (jarring apung). Wilayah pesisir pantai dan muara sungai, komoditi yang cocok di kembangkan adalah tambak udang, bandeng, kakap dan teripang.